Действие «Темных вод» начнется через несколько лет после событий, описанных в первой части игры. Внешность ГГ несколько изменилась, по отношению к первой части: волосы его отросли, на глазу повязка, скрывающая последствия использования Окуляра инквизитора Мендосы, оставшиеся с прошлой части.
После спасения островка Фаранги и победы над Огненным Титаном, в мире мало что изменилось: остальная земля все так же раздирается другими Титанами, да к тому же ещё и появилась целая куча других монстров, которые, в частности, нападают на корабли, вышедшие в море; связь между островами потеряна. Безымянный, видя, что его заслуг мало и надо бороться с ещё большими силами противника, не находит ничего лучше, как начать пить. Безымянный встречает Пэтти, дочь капитана Грегориуса Стальная Борода из первой части, которая, как оказывается, выжила в ходе последнего кораблекрушения. Именно Пэтти и рассказывает ГГ о том, что пиратам известен способ безопасно плавать по морям, не подвергаясь нападениям морских чудовищ. Заручившись поддержкой Карлоса, Безымянный вместе с Пэтти отправляются на поиски её отца, который должен помочь им остановить окончательное разрушение мира.