Главный герой «Risen 3: Titan Lords» – персонаж, известный как Безымянный, но не тот же герой, что был игровым персонажем Risen и Risen 2: Dark Waters». Новый протагонист – сын пирата Эмануэля «Стальной Бороды» и старший брат Пэтти (спутницы героя предыдущих частей). В самом начале игры он, вместе со своей сестрой Пэтти, отправляется на Крабовый Берег в поисках храма с сокровищами, в храме его душу поглощает могущественный повелитель теней, а его тело погибает на руках Пэтти.
Спустя 3 недели после погребения, главного героя возвращает к жизни шаман-вуду Бонс. Теперь его цель – вернуть себе потерянную душу, для этого придётся заручиться поддержкой одной из фракций в игре, вновь собрать команду, обзавестись кораблём и попутно спасти мир от новой угрозы. В игре можно встретить знакомых по предыдущим частям персонажей, таких как Бонс, Пэтти, Джаффар, Грегориус «Стальная Борода», Себастьяно, Вентуро, Карлос, Слэйн, Инквизитор Мендоса и многих других, а также главного героя предыдущих частей «Risen». Как и принято в играх Piranha Bytes, развитие сюжета связано с несколькими противоборствующими сторонами – здесь их три. Пираты, сотрудничающие с туземцами, охотники на демонов и стражи, защищающие изгнанных магов.