Прохождение кампании в Dark Crusade проходит в двух режимах на Кронусе, поверхность которого условно разделена на двадцать две области: стратегический пошаговый режим; захват и удержание новых территорий; перемещение армий по территориям в глобальном режиме. Каждая фракция начинает кампанию на своей основной базе. В обычных условиях армию возможно перемещать только один раз за ход и только в соседнюю область. Чем больше областей находится под контролем игрока, тем ближе основная цель – захват всей планеты.
Некоторые области, помимо прироста общего стратегического превосходства, дают дополнительные бонусы: к примеру, при захвате провинции Космопорт Павониса возможен переход или атака на любую провинцию (орбитальная высадка). При захвате провинции Пустоши Эреса игрок сможет атаковать два раза за ход и т.д. С каждой областью планеты связана своя история, раскрывающая сюжетные нюансы вселенной Warhammer 40,000. Сражения в реальном времени: после того, как игрок принимает решение атаковать какую-либо область, либо его область подвергается атаке. В случае победы область переходит под контроль победившей фракции. Игрок начинает миссию с основным зданием базы и, нанимая новых юнитов, постепенно развивает её и увеличивает военное присутствие, захватывая т.н. «стратегические точки».