Целью игры является последовательное выполнение различных поставленных заданий и уничтожение противников. Каждая миссия делится на несколько подуровней. Действие игры происходит в различных странах. Перед каждой миссией (кроме первой) игрок может выбирать себе экипировку, по мере продвижения игры он открывает доступ к новым видам оружия. В игре представлено 16 видов оружия и 10 типов гранат.
1989 год. Секретный агент Джон Маллинс направляется в Прагу, чтобы помочь бежать на Запад советскому учёному – доктору Пётру Ивановичу, занимавшемуся разработкой биологического оружия под кодовым названием «Биопрепарат». От своего связного Маллинс узнаёт, что Ивановича содержат в гранд-отеле «Прага» под очень серьёзной охраной. Джон спасает Ивановича и они вместе уходят от погони на грузовике в сторону вокзала, где на поезде покидают страну. В поезде доктор рассказывает, что он, когда работал над Биопрепаратом, думал, что служит своей стране, однако потом понял, что нельзя победить в войне, в которой погибают все. Также он повествует об эпидемии сибирской язвы в Свердловске, инциденте, в ходе которого множество человек погибло от вспышки жуткого гибрида, изготовленного из четырёх разновидностей сибирской язвы. Из всех учёных, работавших над этим проектом, выжил только Пётр Иванович.