Через три года после событий первой игры Себастьян Кастелланос оставил работу в полицейском управлении города Кримсон-Сити после инцидента в психиатрической клинике "Маяк". Его единственный ребенок, дочь Лили предположительно погибла во время пожара в их доме, а его жена Майра, не желая принять смерть своей дочери, бросила его. Это, в сочетании с его психологической травмой, приводит к тому, что Себастьян пристрастился к алкоголю.
Когда Себастьян в очередной раз пьет в местном баре, к нему приходит его бывшая напарница и агент "Мёбиуса" Джули Кидман, которая рассказывает ему что Лили на самом деле жива, и она в опасности. Себастьяна доставляют в секретный центр "Мёбиуса", где он встречает начальника учреждения по имени Администратор. Администратор объясняет, что Лили используется в качестве Ядра для новой системы STEM для симуляции идиллического американского города под названием Юнион. Однако "Мёбиус" потеряли связь с Лили и их агентами в Юнионе, и они потеряли контроль над симуляцией. Себастьян неохотно соглашается помочь и подключается к STEM.
подробнеесвернуть