Сюжет игры полностью линейный, хоть в игре и присутствуют необязательные миссии, целью которых является победа в гонке с различными персонажами игры. Разработчики сочинили полностью новый сюжет, который не имеет аналогов в сериале «Симпсоны», при этом в игре присутствует большое количество отсылок к 14-ти вышедшим на момент её выпуска сезонам мультсериала. Также сюжет игры не связан с другими играми серии. Все персонажи, появляющиеся в игре, присутствуют и в мультсериале.
Действие всей игры происходит в городе Спрингфилд, который служит основным местом действия мультсериала «Симпсоны». В городе внезапно начинают происходить странные вещи; в самом начале игры над городом собирается рой ос-роботов. На первых двух уровнях игры сюжет протекает очень медленно и не несёт почти никакой важной информации. С конца второго уровня сюжет начинает развиваться. Барта Симпсона, одного из главных героев мультсериала, похищает луч, исходящий из инопланетной тарелки. Вдруг Лиза узнаёт, что её брат пропал и решает найти Барта, пытаясь найти какую-нибудь информацию о случившемся в городе. Она узнаёт, что чёрные седаны, которые недавно появились в городе, связаны с исчезновением её брата. Вскоре она находит Барта на одном из кораблей в гавани Спрингфилда. Он не помнит, что с ним произошло, говорит неразборчиво, упоминая седаны и «Новую и улучшенную Базз Колу», которая недавно была запущена в производство фирмой Клоуна Красти, известного телеведущего и комика в городе. Мардж, мама Барта, решает выяснить, что с ним случилось. Когда она исследует круг, появившийся на поле у фермера Клетуса Спаклера, дедушка Барта Абрахам Симпсон говорит ей, что этот круг является копией логотипа Базз Колы. Мардж даёт банку колы Барту, от чего он выходит из ступора и рассказывает, что новая Базз Кола сделана пришельцами и она управляет разумом людей. Мардж решает очистить Спрингфилд от колы, но все её усилия остаются тщетными, а кола остаётся такой же популярной, как и раньше.