Действие игры происходит спустя девять лет после событий второй игры. Макс Пэйн к тому моменту уже ушёл из полиции Нью-Йорка и проводит свои дни в баре в Хобокене, в Нью-Джерси. Однажды в бар к нему приходит Рауль Пассос и предлагает работу телохранителя, но Макс отказывается. Чуть позже в результате конфликта Макс убивает Тони де Марко, сына местного мафиози Энтони де Марко, а также многих других гангстеров.
Понимая, что за его голову теперь назначена большая награда и его прежней спокойной жизни приходит конец, Макс всё же решается принять предложение Пассоса. Макс и Рауль работают на богатую семью Бранко в Сан-Паулу, состоящую из трёх братьев: Родриго (успешный бизнесмен), Виктор (политик); и Марсело (тусовщик-наркоман). На частной вечеринке Родриго и его молодую жену Фабиану пытаются похитить члены банды Командо Сомбра с целью получения выкупа, но Макс освобождает их обоих. Однако несколько ночей спустя эта же банда совершает нападение на ночной клуб, где находятся Марсело, Фабиана и её младшая сестра Джованна, и похищают Фабиану. Командо Сомбра требуют за неё выкуп в 3 миллиона долларов США. Макс и Пассос соглашаются доставить деньги на местный футбольный стадион, чтобы совершить обмен, но сделка прерывается людьми группировки Крача Прето. Они тяжело ранят Макса, убивают многих бойцов Сомбра и похищают деньги. В ходе событий на стадионе Макс и Пассос видят, как Невес (глава Крача Прето) допрашивает члена Командо Сомбра с деньгами. Так они узнают, что Фабиану держат в устье реки Тиете. После побега из стадиона Макс и Пассос отправляются туда, чтобы спасти её, но вновь терпят неудачу.