Действие игры происходит в фэнтезийном мире Forgotten Realms, южнее мест, показанных в Baldur’s Gate – в стране Амн, городе Аткатле и его окрестностях. В ходе игры герой противостоит чернокнижнику по имени Джон Айреникус; сюжет игры строится вокруг происков Айреникуса и попыток героев сорвать его планы.
Как и предыдущая часть серии, Baldur’s Gate II основана на лицензированных правилах настольной ролевой игры Advanced Dungeons & Dragons второй редакции. В игре используется доработанная версия того же движка Infinity Engine, который был использован в первой части. Игра использует двухмерную графику с изометрической перспективой. Персонажи перемещаются по нарисованным вручную детализированным фонам. Игровая область может прокручиваться мышью или клавиатурой независимо от передвижения персонажей, однако «туман войны» закрывает области, которые находятся вне поля зрения персонажей. Управление персонажами осуществляется с использованием интерфейса point-and-click, схожего с используемым в стратегиях в реальном времени, с возможностью отдать команду сразу нескольким персонажам, выделив их рамкой, а также задать используемое построение. Любую локацию можно покинуть, подойдя к её краю. После этого открывается экран с глобальной картой, на которой можно выбрать другое доступное для посещения в данный момент место.