Игра была создана как предыстория оригинальной Command & Conquer, но после выхода второй части её выделили в отдельную серию. Сюжет в Red Alert берёт начало год спустя после Второй мировой войны.
В альтернативном 1946 году Альберт Эйнштейн разрабатывает машину времени, получившую название «Хроносфера», и использует её, чтобы переместиться в 20 декабря 1924 года – день, когда Адольф Гитлер был выпущен из Ландсбергской тюрьмы – и устранить из истории Гитлера, чтобы предотвратить Холокост. Идя по улице, Гитлер слышит крик: «Господин Гитлер!». К нему подходит Эйнштейн и протягивает ему руку. Рукопожатием Эйнштейн убрал Гитлера из истории, который, вероятно, распался на атомы. Таким образом, после устранения Гитлера нацисты не смогли прийти к власти.