Согласно сюжету игры, в XXII веке человечество освоило технологии сверхсветовых полётов, в том числе вынесенный в название игры эффект массы, и вступило в контакт с внеземными цивилизациями. Главный герой или героиня игры, капитан Шепард, становится Спектром – специальным агентом на службе межзвёздного совета Цитадели – и вместе с группой соратников, как землян, так и инопланетян, посещает различные области и звёздные системы Млечного Пути.
Перед началом игры выбирается имя персонажа, пол, внешность, один из нескольких вариантов предыстории, а также класс. Для выбора доступно шесть классов, каждый из которых подразумевает свой стиль ведения боя и позволяет использовать определённые типы оружия. Например, персонаж класса адепт в совершенстве владеет биотикой, но не умеет обращаться с большей частью оружия, солдат, напротив, специализируется на применении разнообразного вооружения, а инженер – на взломах систем безопасности, ремонте оборудования и лечении союзников. Остальные классы (разведчик, специализирующийся на дальних атаках, штурмовик, смертельно опасный в ближнем бою, и страж, приспособленный для биотических или технических работ и подходящий в качестве поддержки) представляют собой комбинации первых трёх. После завершения задания на Луне игрок получает возможность изменить свой класс на один из выбранных новых (каждому классу предлагается два на выбор)ː защитник, спецназовец, санитар, мститель, агент или ударный боец. У персонажей-компаньонов также есть свои индивидуальные классы, являющиеся вариациями вышеупомянутыхː например, Рекс эффективен в ближнем бою, Лиара – сильный биотик, а Тали – техник. Игрок и члены отряда могут использовать любое оружие вне зависимости от класса, но его эффективность в бою будет различаться.