В современном мире, образцы ДНК, взятые из тела Дезмонда Майлза после его смерти, позволили Абстерго Индастриз продолжить исследовать его генетические воспоминания, используя вновь обретённые способности облачных вычислений Анимуса. Безымянный персонаж игрока был нанят Абстерго Энтертейнмент из штаб-квартиры в Монреале, чтобы проанализировать воспоминания об Эдварде Кенуэе, пирате восемнадцатого века, отца Хэйтема Кенуэя и деда Коннора.
Это проводится как сбор материала для интерактивного художественного фильма на основе Анимуса. На самом деле Абстерго, тамплиеры современности, ищут устройство Первой Цивилизации, известное как Обсерватория, и используют воспоминания Эдварда, чтобы найти её. В Золотой век пиратства, Эдвард Кенуэй, участвует в заговоре между высокопоставленными тамплиерами в Британской и Испанской империях, которые, прикрываясь антипиратскими действиями в Карибском море, хотят найти Мудреца – позже оказавшегося Бартоломью Робертсом, который является единственным, кто может привести их к Обсерватории, устройству Первой Цивилизации, которое может следить за любым человеком в любой точке мира, когда ему предоставляют образец крови. Тамплиеры намерены использовать Обсерваторию для шпионажа и шантажа мировых лидеров. Эдвард становится невольным участником событий, когда он убивает ассасина-предателя Дункана Уолпола. Видя возможность получить прибыль, Эдвард занимает место Уолпола на встрече тамплиеров в Гаване, где он встречается с Вудсом Роджерсом, а также с губернатором Кубы и магистром тамплиеров Лауреано Торресом. Его безрассудство ставит под угрозу весь Орден Ассасинов. Эдвард же вынужден преследовать Мудреца и заговорщиков с полуострова Юкатан до Ямайки. В конечном итоге, Эдвард настигает Робертса на острове Принсипи у африканского побережья.