Beyond: Two Souls – это игра в жанре action-adventure с элементами интерактивной драмы, в которой игрок может перемещаться и взаимодействовать с объектами и другими неиграбельными персонажами для продвижения по сюжету игры. В основном игрок управляет Джоди, однако почти в любое время можно переключиться на управление Айденом (им также может управлять второй игрок в кооперативном режиме).
Айден, как бестелесная сущность, может перемещаться через стены, потолки и другие препятствия; однако он не может двигаться дальше определённого радиуса вокруг Джоди из-за ограничений их ментальной связи. Игра имеет два варианта повествования – «ремикс», где все главы идут последовательно друг за другом в хронологическом порядке, и «оригинальный» – в этом случае сюжет рассыпается на эпизоды, идущие не в хронологическом порядке. На PlayStation 3 игра имела только «оригинальный» вариант сюжета, с выходом Beyond на PlayStation 4 появился вариант «ремикс», благодаря чему игрок может выбрать свой вариант повествования перед началом прохождения. Юная Джоди Холмс живёт со своими приёмными родителями в пригородном доме. С самого рождения Джоди имеет экстрасенсорную связь с таинственным существом по имени Айден, с которым она может общаться и совершать телепатические действия, например, овладевать сознанием людей и манипулировать некоторыми предметами. После инцидента с соседскими детьми, в результате которого Айден чуть не убил одного из них, приёмные родители Джоди обратились за помощью, оставив её под опекой врачей Нейтана Докинза и Коула Фримана из Департамента паранормальных явлений США.