Игра начинается сразу после Катастрофы (Calamity) – глобального катаклизма, который поразил большую часть мира и изменил его обитателей. Игрок играет за Мальца (The Kid), молчаливого протагониста, который является одним из немногих выживших. Карта мира разделена на три зоны, в которых предстоит побывать игроку: руины Цейлондии (Caelondia), Неизведанные дебри (англ. Wild Unknown), страну Ура (Ura).
Малец, проснувшись в неизвестном ему месте, понимает, что всё вокруг непоправимо изменилось, после чего он прорывается с боем в место под названием Бастион, где встречает ещё одного выжившего – пожилого человека, голос которого сопровождает игрока, озвучивая буквально все события игры. Этот человек, Рукс (англ. Rucks, The Stranger), рассказывает, что они могут отстроить старый Бастион – последний безопасный островок мира. И мальчишка отправляется на поиски нужных материалов, по пути узнавая детали произошедшего. По мере нахождения частиц для восстановления Бастиона, Малец встречает сначала Зулфа (Zulf, The Survivor), а затем певицу Зию (Zia, The Singer), которые являются представителями нации Ура, воевавшей когда-то с Цейлондией. Вместе с Зией, герой находит и дневник её отца Венна (Venn), который, однако, прочитать может только Зулф, так как он единственный из них, кто владеет языком ура.