Мир, в котором происходит действие игры, носит название Экзоста. На планету упал загадочный метеорит, и спустя несколько лет Солнце Экзосты начало постепенно, но неуклонно угасать, и с каждым днём становилось всё холоднее. Практически никто не догадался о связи этих событий.
В начале игры Arx Fatalis позволяет игроку создать своего игрового персонажа, распределяя очки навыков между различными характеристиками, включая навыки создания заклинаний, владения оружия, ношения доспехов, скрытности и прочие. В Arx Fatalis присутствуют элементы крафтинга, включая приготовление еды, создание оружия и доспехов. Основной задачей является победа над богом Акбаа, для достижения которой необходимо выполнить ряд заданий для создания меча, способного его остановить. Побочные задания могут попадаться игроку по мере исследования Аркса, включающие разрешение конфликтов между различными группировками. Способ их решения может отличаться, причём каждый исход будет так или иначе влиять на общий ход истории. В игре отсутствует система диалогов, вместо неё игрок влияет на сюжет выбором из имеющихся непосредственных действий, например убийство ключевого персонажа, передача ключевого предмета или решение головоломки.