Предыстория излагается в шести эпизодах подкаста Helix Station, запущенного 3 ноября 2022 года, где космические наёмники Перси и Кейн выслеживают сбежавшего преступника Леннокса.
Действия The Callisto Protocol разворачиваются в далёком будущем, в 2320 году. Пилоты грузового космического корабля Джейкоб Ли и Макс Бэрроу выполняют рейс между спутниками Юпитера Европой и Каллисто по контракту Объединённой Юпитерианской Компании с неизвестным и чрезвычайно хрупким грузом на борту. Во время спуска на поверхность Каллисто к месту назначения – тюрьме «Чёрная жесть» (Black Iron/Чёрное железо), на борт корабля проникают члены группировки «Внешний рубеж», на которую возлагается ответственность за ряд террористических атак, одна из которых повлекла за собой большое количество жертв в колонии на Европе. Пытаясь убежать от боевиков «Внешнего рубежа», Джейкоб вызывает разгерметизацию корабля, из-за чего тот совершает аварийную посадку неподалёку от колонии. Выживают только Джейкоб и предполагаемый лидер «Внешнего рубежа» Дэни Накамура. Обоих спасает капитан службы безопасности «Чёрной жести» Леон Феррис, но по приказу директора колонии Дункана Коула оба без суда оказываются заключёнными колонии.
