Сюжет игры следует сюжету одноимённых книги и фильма. Игра начинается с разговора Дадли и его друзей с Гарри Поттером, полностью повторяющего диалог из фильма. Первой возможностью управлять персонажем является битва Гарри с дементорами в тоннеле.
Далее Гарри попадает на Площадь Гриммо, 12. Здесь он помогает Джинни и Гермионе в уборке дома и вещей Рона, а Сириус Блэк напоминает ему, как действуют заклинания Депульсо, Вингардиум Левиоса, Репаро и Акцио (данный эпизод призван обучить игрока принципам колдовства в игре). Несмотря на то, что в некоторых предыдущих играх серии была возможность свободного передвижения по замку, в данной части ограничений в игровом процессе стало ещё меньше; игрок может свободно перемещаться по локации – игровой территории (локация игры представляет собой замок Хогвартс и небольшую часть его окрестностей, включающую совятник (расположенный за Хогвартсом), часть Запретного леса и находящуюся неподалёку хижину Хагрида).