Действие происходит за пять лет до начала событий Half-Life 2. Аликс Вэнс, находясь в своей конспиративной квартире, наблюдает за тем, как её отец Илай и члены Сопротивления выполняют миссию по краже реактора у Альянса. Илай, связавшись с Аликс, сообщает, что миссия проходит успешно и добавляет, что он заметил странное строение в карантинной зоне...
Аликс отвечает, что заметила, как Альянс начал поставлять оружие и припасы в зону карантина Сити 17, и это приводит к тому, что на них нападают силы Альянса и захватывают обоих в плен. Другому члену Сопротивления, Расселу, удаётся спасти Аликс, и он сообщает, что, возможно, Альянс отправит Илая в Нова-Проспект для допроса. Он планирует перехватить поезд возле развилки Фейрвью. Взяв у Рассела пару гравитационных перчаток и пистолет, Аликс проникает в карантинную зону, чтобы перехватить поезд с Илаем. Пробираясь через канализацию, она наталкивается на загадочные рисунки на стенах, изображающие события прошлого и будущего. Вскоре она находит логово художника – эксцентричного одинокого вортигонта, который предупреждает её, что Илай в будущем погибнет и велит ей «следовать за северной звездой», а также предрекает то, что она освободит его сородичей.