Принц Персии изменил свою судьбу, убил стража Времени Дахаку и возвращается в Вавилон вместе с Императрицей Кайлиной (сюжет основывается на второй, более «счастливой» концовке Prince of Persia: Warrior Within), но Вавилон захвачен армией врага. Корабль Принца и Кайлины попадает под удар врага. Кайлину похищают, а Принц идёт на её поиски, попутно расправляясь с агрессорами.
Выясняя, в чём дело, Принц узнаёт, что в городе орудует его давний враг – индийский Визирь. Поскольку ранее, на Острове Времени (во второй части игры), Принц отменил само создание Песков Времени, он также отменил и все события, показанные в первой части игры, атаку армии своего отца на замок индийского Махараджи, открытие и закрытие Песочных Часов, а также убийство визиря. В этом варианте времени Махараджа тоже отправился на Остров Времени и не обнаружил там Песка времени, но нашёл пустые песочные часы, кинжал, посох и книги. Тем не менее, его Визирь смог изучить книги с Острова времени, где раскрываются многие тайны Песка. Визирь выяснил, что может заполучить вечную жизнь, для чего ему нужна Императрица Времени, но её на острове не было (так как Принц её увёз с собой) и Визирь занялся другими делами, оставив мечты о вечной жизни на какое-то время. Когда Принц убивает Дахаку Кинжал начинает даровать Визирю видения и звал его в Вавилон. Но у Махараджи таких видений не было, он не позволял Визирю отлучаться, и тогда он убивает Махараджу и захватывает контроль над его королевством и его армией, с помощью которой заручается помощью воинов-скифов и вторгается в Вавилон.