Эйб Портман рассказывал своему внуку Джейку истории о том, как он, будучи ребёнком, пережил Вторую мировую войну, сражался с монстрами и жил в секретном доме для детей на острове Кернхольм в Уэльсе. По словам Эйба, проживавшие в доме дети и их директриса мисс Альма Перегрин обладают паранормальными способностями и известны как «Пекуляры» (Странные).
Когда Джейку исполняется 16 лет, он отвечает на телефонный звонок от Эйба, приезжает к нему домой и находит его умирающим с удалёнными глазными яблоками. Эйб говорит ему идти в «петлю 3 сентября 1943 года». Когда Эйб умирает у Джейка на руках, подросток мельком замечает прячущегося в лесу монстра, похожего на тех, что описывал ему дед. Родители Джейка считают, что смерть деда, с которым он был близок, сильно повлияла на мальчика и отводят его к психиатру. Следуя советам своего врача, доктора Нэнси Голан, а также подсказке в письме от мисс Перегрин к Эйбу, Джейк отправляется в Великобританию, в Уэльс, чтобы найти и исследовать детский дом в Кернхольме, где жил Эйб судя по его рассказам.