Вступительная сцена разыгрывается в Антарктиде. Колония пингвинов движется в неизвестном направлении, но трёх птенцов – Шкипера, Ковальски и Рико, специально вышедших из рядов, – очень интересует, куда же все идут. А мимо них тем временем катится яйцо.
Получив в свой адрес несколько реплик (среди которых прозвучало сообщение о том, что пингвины каждый год теряют несколько яиц) и таким образом убедившись в абсолютном равнодушии толпы к происходящему, трое юных решают сами спасти яйцо. А оно скатывается с обрыва и попадает на палубу старого корабля, с которого, по словам Ковальски, живым никто не возвращался – ведь на нём обитают морские леопарды. Трое из них, заметив яйцо на палубе, ползут к нему, но пингвинята успевают спуститься и спасти яйцо. Чудом избежав гибели, они падают на отколовшийся от континента айсберг, на котором из яйца вылупляется Прапор. По оценке Ковальски, их ожидает скорая гибель в 95 шансах из ста, тогда как остальные пять сулят приключения и славу, какие ещё не выпадали на долю пингвинов. Так Шкипер, Ковальски, Рико и Прапор становятся командой.