2032 год. Майор Кусанаги бесследно исчезла на просторах мировой сети. Но Девятый отдел по-прежнему выполняет свою работу. Бато и Тогуса расследуют серию убийств гиноидами своих владельцев. После этого роботы самоуничтожаются. Есть основания считать, что такие действия неслучайны и убийства были преднамеренными.
Кроме того, последние останки гиноидов показывают, что все они содержали нелегального «призрака». В Девятом отделе делают вывод о том, что человеческие чувства незаконно дублируются в куклах, делая роботов более реалистичными и, возможно, это является мотивом преступлений. Специалист по технологиям и информационной войне Исикава, который также работает с Бато, рассказывает, что жертвой последнего гиноида является Джек Уолксон, сотрудник отдела доставки компании LOCUS SOLUS, который, предположительно, был ликвидирован якудзой. Предыдущий босс мафии недавно был убит гиноидом, поэтому Исикава заключает, что Уолксона казнили в акте мести. Бато и Тогуса отправляются в бар якудза, чтобы расспросить нынешнего главаря.