После событий «Вторжения» генерал Джонни Рико был разжалован в полковники и на пару с сержантом-майором Гайем "Похреном" Каннингемом (единственным выжившим из команды К-12) отправлен на марсианскую орбитальную базу для подготовки пополнений в космический десант.
К несчастью для Рико, ему в подчинение достался худший отряд, который полковник за постоянные провалы боевых симуляций окрестил "Потерянный". Тем временем, на Марсе празднуется 25-ая годовщина терраформирования, параллельно с чем всё чаще звучат призывы к властям Федерации предоставить независимость марсианской колонии. Амбициозный и честолюбивый Звездный маршал Эми Снэпп решает переиграть ситуацию, направив практически весь Звездный флот и космический десант на борьбу с арахнидами на территории врага. Министр разведки и паранормальных войн Карл Дженкинс пытается предупредить своих старых школьных друзей - Рико и капитана Звездного флота Кармен Ибанез - о некоей опасности, грозящей Марсу от Снэпп, но его арестовывают агенты спецподразделения Федерации по обвинению в измене.